A faj természetes elterjedésének legészakibb határa Koszovóban van, Belgrádból is ismert kiengedett példányok alapján. Az aprócska állatok a Balkán-félsziget mellett Kisázsiában, Törökországban, a Görög szigeteken és Izraelben élnek. Emellett az olasz csizma déli sarkában, Pugliában vannak előfordulásai, és a Krím-félszigeten is előfordulnak.
Gulyás Kis Csaba a Soksínű Vidéknek elmondta, hogy
Emellett más, egyébként melegkedvelő, mediterrán inváziós fajokkal is gyakran találkozik a fővárosban és környékén, mint görög teknőssel, mosómedvével, de olasz skorpióval is volt már dolga.
A Kotschy-gekkók egyik első ismert kolóniája a Budaörsi úton, a Sasadi út magasságában egykor állt társasházon élt. Bár ez a kolónia eltűnt, amikor elbontották az épületet, több helyen is felbukkant a faj a fővárosban. Emellett Balatonszéplakon és Gyulán is ismert egy-egy populáció. Egy 2021-ben megjelent publikáció szerint a Budaörsi úti és a balatonszéplaki gekkók Délnyugat-Bulgáriából (Szandanszki és környéke) származtak a 80-as évekből. A gyulai és a többi budapesti populáció eredete nem ismert.